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          当前位置:首页 >公司动态 >超微量—细菌群落特征评估

          产品名称: 超微量—细菌群落特征评估
          产品型号:
          发布时间: 2021-12-13
          详细信息

          具有全长 16S rRNA 基因的细菌群落特征的PCR 条件评估

          仅靠表型特征不能了解微生物进化的本质,也无法解决微生物的系统发育问题,必须从分子水平上研究生物的进化并寻找新的特征作为微生物进化的指标。研究表明,蛋白质、RNA和DNA这些生物大分子序列进化的显著特征是进化速率相对恒定,被看作是分子计时器。在众多生物大分子中,最适合于揭露各类生物亲缘关系的是rRNA,尤其是5S rRNA和16S rRNA,而后者应用最是广泛。因为1)rRNA参与生物蛋白的合成过程,其功能是任何生物都必不可少的,且在生物进化的漫长过程中保持不变;2)16S rRNA中既含高度保守的序列,又有中度保守和高度变化的序列;3)16S rRNA相对分子质量大小适中,含有足以比较各类生物的信息量,且rRNA在细胞中含量大,易提取;4)16S rRNA普遍存在于真核和原核生物中。所以想要利用16S rRNA作为 “分子尺”研究微生物群落,就需要对微生物进行培养,提取并纯化rRNA,进行rRNA序列测定,获取相关的序列信息,输入计算机进行分析。

          环境中微生物组成定量评价方法的优化、建立和标准化是不可避免的,在此过程中利用PCR技术可对16S rRNA进行大量扩增,但基于PCR的16S rRNA分析受PCR相关条件偏差的影响,包括模板浓度、DNA聚合酶选择、循环数、扩增反应时间和反应温度。基于此,So Fujiyoshi等[1]作者欲通过三种方法评估MinION PCR条件。在PCR过程中,DNA的浓度和纯度尤为重要,因为这关乎模板的数量和质量,微量甚至痕量的DNA都可能导致非特异性产物的出现,给结果的判断带来误导。Denovix品牌的超微量紫外/荧光全功能分光光度计DS-11FX+作为目前最灵敏的智能超微量光度计,①采用最新SmartPath专利技术(US9442009B2),可自动感应样品浓度并调节至最好检测光程,保证检测灵敏度;②斜率算法确保终生精度,无需校准;③其SmartQC智能自动检测样品,提示污染物,加持样品质控,充当着PCR等下游实验中浓度检测和质控的“标尺”,令人无忧样品浓度的准确性和纯度!让我们一起来看看DS-11FX+精巧小身板,玲珑大作用!


          题目:Evaluation of PCR conditions for characterizing bacterial communities with full-length 16S rRNA genes using a portable nanopore sequencer(IF=4.379)

          摘要

          MinION是一种便携式纳米孔测序仪,于 2014 年作为一种新的 DNA 测序技术推出。MinION 因其相对于现有 DNA 测序仪的低初始启动成本、良好的便携性、易于操作、实时分析和长读长输出而被广泛使用。然而,用于基于16S rRNA的PCR的实验条件的差异可能会影响样本中的细菌群落评估。因此,需要有关可靠实验条件的基本知识,以确保正确使用该技术。我们的研究涉及使用MinION为细菌群落结构评估获得准确和定量的全长16S rRNA扩增子测序数据的技术的可靠性。我们使用三个独立的模拟微生物群落标准DNA比较了五个PCR条件,并在试验中建立了适当、标准化、更好的PCR条件。然后,我们使用 Illumina MiSeq对两个模拟群落和六个环境样本进行测序以进行比较。修改PCR条件提高了测序质量;优化条件为95 °C 1 min、60 °C 1 min和68 °C 3 min的35个循环。我们的结果为研究人员使用MinION准确确定细菌群落提供了重要信息。

           

          (1)样品和DNA的制备  在样品和DNA的制备过程,使用DS-11FX+测定提取的DNA制剂的浓度和纯度。



          (2)纳米孔测序文库构建  待PCR产物纯化,用10 μl缓冲溶液洗脱DNA,使用DS-11FX+测定其浓度和纯度。



          (3)Illumina测序  16S rRNA 测序文库根据 Illumina 16S宏基因组测序文库制备方案 (Illumina) 构建后,使用DS-11FX+量化回收的纯化DNA的量。



          DS-11FX+超微量模式下可检测dsDNA范围为0.75~37500ng/ul,在比色皿模式下可检测dsDNA下限为0.04ng/ul,配合荧光法能检测到的dsDNA下限更是低至0.5pg/ul。在此研究中,使用到的超微量DS-11 FX+是Denovix超微量DS-11系列中功能最全的一款型号。不同型号拥有不同配置,Denovix超微量适用于超广研究方向和使用者群体。

          表 DS-11 FX+荧光模式检测限

          样本

          检测模式

          DNA

          RNA

          BSA

          荧光模式

          0.5pg/ul-37500ng/ul,

          250pg/ul-30000ng/ul

          12.5ug/ml-1125 mg/ml



          Denovix超微量主要特点:

          § 主机超微量模式始终如一的精度、终身免校。专利的SmartPath和Brigde testing技术保驾护航。

          § 无论是微量模式还是紫外荧光一体式:测量样品的浓度范围最宽,上下限均是行业内的翘首。

          § 根据样品浓度不同,自动变换测量光程。受专利保护(US9442009B2)。超微量模式:0.02mm自动变换至0.5mm

          § 污染物分析功能SmartQC,污染物种类鉴定报告。提示污染物,结合荧光模块检测。

          § 微量模式下,蛋白质浓度无限制准确测量。无需稀释至比色皿,微量即可检测高浓度的蛋白质。  

          § 一款整合了荧光光度计的超微量,拓展了用户类型。

           

          篇幅有限,产品还有很多迷人细节,详情请咨询我司获悉,欢迎预约试用样机!

           

          [1] Fujiyoshi S, Muto-Fujita A, Maruyama F. Evaluation of PCR conditions for characterizing bacterial communities with full-length 16S rRNA genes using a portable nanopore sequencer. Sci Rep. 2020 Jul 28;10(1):12580. doi: 10.1038/s41598-020-69450-9. PMID: 32724214; PMCID: PMC7387495.


          (此内容由www.forest-golf.com提供)

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